近年来，随着东莞经济社会快速发展和人民群众对司法需求的不断增长，检察机关案多人少的矛盾十分突出，原有的一个基层检察院已无法适应东莞市经济社会发展需要。2006年6月，东莞市委、市政府决定申报新增设基层检察院。2006年8月，东莞市人大常委会批复同意申报。2007年8月，最高人民检察院批复同意东莞新增设两家基层检察院。2007年11月，广东省机构编制委员会批复同意。东莞市人大常委会在2008年10月审议通过了东莞市检察院《关于提请设立东莞市第一、第二、第三市区人民检察院的报告》。经过3年紧张的申报筹备工作，第二、第三市区人民检察院正式成立。原来的市区检察院改名为第一市区人民检察院。 

　　新成立的第二、第三市区人民检察院作为市检察院的派出机构，分别各设11个内设机构和2个直属机构，行使县级人民检察院职权，在市人民检察院的领导下依法履行法律监督职能。第一市区检察院位于城区。管辖范围包括莞城、东城、南城、万江、道滘、洪梅、望牛墩、麻涌、中堂、高埗、石碣、石排、企石、石龙、茶山、寮步和松山湖科技园产业区等17个街镇的各类案件。第二市区检察院设置在长安镇，管辖虎门、厚街、沙田、大朗、长安、大岭山等6个镇的有关案件。第三市区检察院设置在塘厦镇，管辖樟木头、黄江、谢岗、常平、桥头、东坑、塘厦、清溪、凤岗等10个镇有关案件。新增设的检察院正式挂牌后于2009年1月4日即开展工作，履行各项检察职能。